不同查重系统的算法逻辑存在显著差别，这些差异直接影响着查重结果的准确性与可靠性。
知网作为国内高校广泛使用的查重系统，采用 “段落阈值 + 连续字符” 双重标准。当段落重复比例超过 5%，且其中存在连续 13 字相似的情况，就会被判定为重复。比如在一段阐述学术观点的内容中，若有连续 13 个字与数据库中的文献一致，即便该段其他部分表述不同，也会被标红。同时，知网运用语义模糊算法，着重剖析句子的核心意思与关键词，能敏锐识别换汤不换药的改写表述。例如 “通过实验研究得出结论” 和 “经由实验探究获得结论”，知网能精准判断二者语义相似。此外，对于引用部分，知网要求遵循特定格式且明确标注出处，否则也会计入重复率。
维普查重系统的算法具有独特性。它采用多维度算法，涵盖字符串精确匹配、语义相似度分析以及篇章结构比对。在字符串精确匹配方面，与知网类似，若发现连续 13 个字符完全相同，会将其判定为重复并高亮标红，以此识别直接抄袭内容。语义相似度分析时，维普利用语义算法深入判断句子或段落的逻辑含义，即便作者采用同义词替换、调整语序等手段，只要语义或观点高度相似，依然可能被视作重复。例如将 “该方法能够有效提升效率” 改为 “此方法可切实提高效率”，很可能被检测出来。在篇章结构比对上，若论文的章节标题、段落布局、行文逻辑等框架性内容与已有文献雷同，也会触发重复判定，即便是逐句改写，若整体框架仿照他人文章，仍有被识别的风险。对于引用，维普虽会对正确标注的内容降低相似度权重，但引用比例过高也会被计入重复率。
PaperRed 的算法融合了 “语义指纹 + 向量空间模型 + 深度学习”。其自主研发的 NLP 语义解析引擎十分强大，能够有效识别同义词替换、句式重构等降重手段。比如把 “通过问卷调查获取数据” 改写为 “采用结构化问卷实施数据采集”，依然能被精准定位重复。在跨学科适配能力上，PaperRed 针对理工科论文的公式、代码开发了 LaTeX 源码比对模块，对文科论文的文献综述部分强化了观点溯源分析，能够清晰区分 “合理引用” 与 “过度堆砌”，在多方面保障查重的准确性 。